棉籽餅因含有游離棉酚，易引起畜禽中毒，必須經過去毒處理后方可飼用。

常用去毒方法：一、取草木灰9-12公斤或生石灰0.5-1公斤加入100公斤清水中攪拌均勻，沉淀后取上清液浸泡棉籽餅，餅液比例為1∶2,浸泡24小時后再用清水淘洗3-4遍。二、在100公斤土榨棉籽餅中加硫酸亞鐵1.2-1.5公斤，若用機榨棉籽餅，只需加硫酸亞鐵0.3-0.4公斤，再以適量清水浸泡24小時，沖洗后即可飼用。三、用15%的純堿溶液24公斤，噴灑在100公斤棉籽餅上，充分拌勻，然后用塑料薄膜密封悶5小時，然后蒸50分鐘，晾干。也可用1%的氫氧化鈉溶液浸泡3-4小時，然后后瀝去溶液，用清水沖洗干凈，晾干。四、在100℃-110℃的高溫下蒸30分鐘。